سرانجام در هفتم ذیحجه سال 114 هجرى در سن 57 سالگى در مدینه به وسیله هشام مسموم شد و چشم از جهان فروبست .
پیکر مقدسش را در قبرستان بقیع - کنارپدر بزرگوارش - به خاک سپردند .
چند حکایت از مولایمان باقرالعلوم (ع)
کثیرالذکر:
ابن قداح از امام صادق (ع) نقل مى کند که فرمود: پدرم (امام باقر) کثیرالذکر بود، خدا را بسیار یاد مى کرد، من در خدمت او راه مى رفتم مى دیدم که خدا را ذکر مى کند. با او به طعام خوردن مىنشستم، مىدیدم که زبانش به ذکر خدا گویاست. با مردم سخن مىگفت و این کار او را از ذکر خدا مشغول نمىکرد.
من مرتب مىدیدم که زبانش به سقف دهانش چسبیده و مىگوید: «لاالهالاالله» او در خانه، ما راجمع مىکرد و مىفرمود تا طلوع خورشید خدا را ذکر کنیم، هر که قراءت قرآن مىتوانست امر به قراءت قرآن مىکرد و هر که ت امر به نمىتوانست امر به ذکر خدا مىفرمود.
تسلیم:
گروهى به محضر امام باقر (ع) مشرف شدند، دیدند امام بچهاى دارد مریض است و حضرت در مرض او بسیار ناراحت و بى آرام است. آنها پیش خود گفتند: خدا نکند که این کودک بمیرد و گرنه به خود امام احتمال خطر مىرود. در این میان شیون زنان بلند شد، معلوم شد که کودک از دنیا رفت، بعد از اندکى امام (ع) به نزد آنها آمد ولى خوشحال و قیافهاش باز بود.
گفتند: خدا ما را فداى تو کند، شما در حالى بودید که ما فکر مىکردیم اگر اتفاقى بیافتد شما به وضعى درآیید که موجب غصه ما باشد!! ولى مىبینیم که قضیه بعکس شد؟
امام صلوات الله علیه فرمود: ما دوست مىداریم که محبوب و عزیز ما در عافیت باشد، و چون قضاى خدا بیاید تسلم آن کار مىشویم که خدا دوست داشته است: «فقال لهم: انا نحب ان نعافى فیمن نحب فاذا جاء امرالله سلمناالله فیمایحب»
محبت اهل بیت(ع):
ابوحمزه گوید: سعد بن عبدالله که از اولاد عبدالعزیز بن مروان بود و امام او را سعد الخیر مىنامید محضر امام باقر (ع) آمد، و مانند زنان رقیق القلب اشک مىریخت. امام فرمود: یا سعد! چرا گریه مىکنى؟! عرض کرد چرا گریه نکنم حال آنکه از خانواده بنى امیه هستم و خدا آنها را در قرآن شجره ملعونه نامیده است .
امام فرمود: تو از آنها نیستى، تو اموى هستى از ما اهل بیت. آیا نشنیدهاى قول خدا را که از ابراهیم (ع) نقل مىکند، فرمود: «فمن تَبعنى فانه منّى» ا
محبت اهل بیت (ع):
بریدبن معاویه عجلى گوید: محضر ابى جعفر (ع) بودم، مردى که از خراسان آمده بود داخل منزل آن حضرت گردید، او پاهاى خود را نشان داد که در اثر پیاده رفتن چاک چاک شده بود، گفت: من از خراسان آمدم به خدا قسم مرا از خراسان و از راه دور به اینجا نیاورده مگر محبت شما اهل بیت. امام (ع) فرمود: «والله لو اَحبّنا حجر حشره الله معنا و هل الدّین الاالحّب» 6.
به خدا قسم اگر سنگى هم ما را دوست بدارد، خدا آنرا با ما محشور خواهد فرمود، آیا دین جز محبت چیز دیگرى است؟ یعنى دین در محبت خلاصه مىشود.
یاران مهدی(عج):
محمد بن ابراهیم نعمانى در کتاب غیبت ص 273 از ابوخالد کابلى نقل کرده که امام باقر (ع) فرمود: گویا مىبینم قومى را که درمشرق قیام کرده حق را مىطلبند ولى حق را به آنها نمىدهند، باز مىطلبند، باز حق را به آنها نمىدهند، چون چنین دیدند، شمشیرهاى خویش برشانه خود گذاشته قیام مسلحانه مىکنند، در این زمان حق را به آنها مىدهند ولى آنها قبول نمىکنند و گویند: باید خود قیام به حق کرده و حکومت تشکیل بدهیم و چون حکومت را تشکیل دادند آن را تحویل نمىدهند مگر به صاحبتان (امام زمان (ع)) کشتگان آنها شهیداند، بدانید اگر من آن زمان را درک مىکردم خودم را در اختیار صاحب آن کار مىگذاشتم نگارنده گوید: چون این حدیث با انقلاب اسلامى ایران بسیار تطبیق مىشود لذا عین حدیث را مىآوریم.
«عن ابى خالد الکابلى عن ابى جعفر (ع) انه قال: کانى بقوم قد خرجوا بالمشرق یطلبون الحق فلا یعطونه ثم یطلبونه فلا یعطونه، فاذا راوا ذلک و ضعوا سیوفهم على عواتقهم فیعطون ماسالوه فلا یقبلونه حتى یقوموا ولا یدفعونها الا الى صاحبکم، قتلاهم شهداء، اما انى لو ادرکت ذلک لاستبقیت نفسى لصاحب هذا الامر».